La historia da inicio cuando el cruel juez Claude Frollo comienza su encarnizada lucha contra los gitanos, entre ellos una madre que trata de huir con su bebé. Pero Frollo, al creer que oculta algo, comienza a perseguirla hasta luego asesinarla en la entrada de la catedral al negarse a entregar a su bebé. Sin embargo, al descubrir las mantas que cubrían al bebé deja al descubierto algo muy extraño: el niño es completamente deforme y jorobado de nacimiento, Frollo intenta matarlo tirándolo a un pozo. El arcediano evita que se cometa el segundo crimen, y aconseja a Frollo cuidar al niño y criarlo como si fuera suyo, ya que de lo contrario enfrentaría la ira divina, pues la catedral había sido testigo de todo. Así es como acuerda refugiarlo en el campanario para que nadie pueda ver su monstruosa humanidad, y decide llamarlo Quasimodo.

Varios años después de la película original, el capitán Febo y Esmeralda se han casado y tienen un hijo llamado Zephyr. Han empezado una comuna.Quasimodo es ahora libre para interactuar con el público, sin embargo, sigue viviendo en la catedral con sus gárgolas amigos Victor, Hugo y Laverne.

Una compañía de circo dirigido por Sarousch entra en la ciudad durante la gira. Sin embargo, se revela que Sarousch es en realidad un maestro criminal que planea robar la campana más querida de Notre Dame...