En las mazmorras del castillo de la malvada reina hechicera Bavmorda, una prisionera da a luz una niña que, de acuerdo a una antigua profecía, pondrá fin al oscuro reinado de la hechicera. La comadrona salva a la niña de la ira de Bavmorda, pero se ve obligada a arrojar su cuna al río antes de ser alcanzada por sus perros de presa.

Cuando el joven nelwyn (raza humana de corta estatura) Willow Ufgood encuentra al bebé abandonado, de repente se ve metido en una aventura llena de magia y peligro. Ahora, con la única ayuda de un maestro con la espada llamado Madmartigan (Val Kilmer), Willow deberá vencer a las fuerzas de la oscuridad que amenazan con destruir a aquel que se interponga en el camino de la reina Bavmorda.

Ella hará que el nelwyn se vea inmerso en las sombras y en un viaje lleno de magia y peligros, al tiempo que forja el destino del mundo.